1803年在雷根斯堡通过了帝国议会的最后一批决议,其中之一是决定解散神圣罗马帝国,成立莱茵联盟,雷根斯堡也因此独立为州国。1806年8月1日,莱茵联盟在雷根斯堡帝国议会的最后一次会议上宣布神圣罗马帝国的正式解散。在第五次反法同盟战争(法国对抗英国和奥地利)中,奥地利和法国军队都曾攻占雷根斯堡,在拿破仑的压力下,雷根斯堡大主教被迫放弃雷根斯堡给巴伐利亚王国。并入巴伐利亚,意味着雷根斯堡失去了昔日的特殊政治地位,而雷根斯堡的经济在帝国时期早已荒废,1953年起是上普法尔茨行政区和雷根斯堡县的首府和巴伐利亚州的直辖市,雷根斯堡也逐渐恢复它的重要地位。
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